Diawali dari sebuah pengajian anak-anak di Masjid Miftahul Huda di Kp Bantar Kambing Desa Bantarjaya Kec. Rancabungur Kab Bogor, lahirlah kemudian Pondok Pesantren Miftahul Huda yang mengambil nama serupa dengan nama Masjid sebagai cikal bakal pengajian dan ta`limnya, setelah mendapatkan tanah wakaf + 900 m2 dari K.H Abdussomad.
Proses pembangunannya dilakukan oleh masyarakat Desa Bantar Kambing. Sehingga dengan izin Allah SWT Pondok Pesantren Miftahul Huda diresmikan pada hari Jum`at tanggal 11 September 1992, yang dihadiri oleh beberapa Ulama antara lain : K.H DIDIN HAFIDUDDIN ( Ketua BKSPI ), K.H ABDUL WAHAB ( Pembina Majlis Ta`lim Miftahul Huda ), K.H SANUSI AZHARI (Ketua MUI Bogor), K.H JAJA ABDUL JABAR (Manonjaya), K.H ABDUL FATAH (Manonjaya), K.H MA`MUR JAWAWI (Pimpinan Pondok Pesantren Hidayatul Wildan), K.H HASBULLAH BAEHAQI (Ketua IKPM Gontor cabang Bogor), Dan yang lainnya.
Dengan perlahan tapi pasti Pondok Pesantren Miftahul Huda dari tahun ke tahun terus berkembang dengan tahapan sebagai berikut : Pendasaran dan Pengakaran, Pengenalan Pada Masyarakat, Penguatan dengan Pengkaderan. Pada tahun 1992 s/d 1998 merupakan tahapan pendasaran dan pengakaran,pada saat itu program yang ada hanya pengajian (Sistem Tradisional) dengan waktu yang terbatas, selesai shalat shubuh dan malam hari, kemudian mereka pulang ke rumah dan sekolah di tempat masing-masing. Pada tahun 1998 s/d 2004, .merupakan tahapan pengenalan pada masyarakat tentang bentuk pesantren dengan system belajar klasikal (dibagi per kelas) bahkan diantara para santri ada yang ikut ujian sekolah di Pondok Pesantren Daarussalam, Ciomas, Bogor.
Pada tahun 2004, mulai tahapan penguatan dan pengkaderan dengan diawalinya pembuatan akte Yayasan. Dan tahun 2006 mulai melaksanakan lembaga pendidikan formal jenjang Sekolah Menengah Pertama (SMP Darul-Ilmi) dengan system terpadu antara Pondok Modern Gontor dengan system salafy dan program tahfiz Al-Qur`nul Karim, pada tahun 2006 inilah mulainya program pendidikan dan pengajaran Pondok Pesantren Miftahul Huda yang diformulasikan dengan system Pendidikan Nasional. Berupa kurikulim SMP Islam Daarul Ilmi.
Kemudian setelah terbitnya Undang-Undang Nomor 18 tahun 2019 tentang Pesantren maka Pondok Pesantren Miftahul Huda Bogor mengajukan ijin operasional Satuan Pendidikan Muadalah (SPM) yang terdiri dari dua jenjang yaitu Wustha dan Ulya yang al hamdulillah pada tanggal 23 Maret 2020 Pondok Pesantren Miftahul Huda Bogor mendapatkan ijin operasional SPM dengan dua jenjang yaitu Satuan Pendidikan Muadalah (SPM) Wustha Kulliyatul Muallimin Al-Islamiyyah (KMI) Pondok Pesantren Miftahul Huda dan Satuan Pendidikan Muadalah (SPM) Ulya Kulliyatul Muallimin Al-Islamiyyah (KMI) Pondok Pesantren Miftahul Huda terbit secara bersamaan.